首先，直接资本市场不发达，直接资本市场还带有一些计划经济色彩。中国直接资本市场尽管在10年中有了很大的发展，但相对国民经济发展对资本市场的要求，与其它一些发展中国家相比，仍然有很大的距离。从总量上看，证券市场的市值与GDP的比值仍然较低，上市公司的数量仍然较少；从结构上来看，证券市场单一，证券品种少，市场层次也少，没有柜台市场，也没有纳入法律范围的私募市场。直接资本市场到目前为止还带有一些计划经济的色彩，证券发行者资格的确定、发行数量和价格的确定、上市资格和上市时间的确定、上市公司的配股等仍然不能按照市场经济的通常方式来进行。在这样的情况下，上市公司的壳资源、配股资格对地方政府和未上市企业都是重要的，他们势必要以各种方式来充分利用壳资源和配股资格，在法律不完备的背景下，就容易出现非等价交易、报表重组、利益转移等问题。其次，国有股比例过大、国有股不能流通。国有股比例过大且不能流通不但带来了政府过分介入上市公司重组的问题，也使得上市公司的股权转让基本上只能以协议转让的方式来进行，使得国有股的减持方式很少有选择，只能以回购然后注销的方式来进行。协议转让并不是不能推行，事实上发达市场经济中也有类似的方式，协议转让的积极作用也不容低估，但如果协议转让的股份是与流动股所不同的另一种股票，那么其转让价格就会脱离证券市场的固有机制，小股东的利益就很容易受到损害。国有股回购也是一种协议转让，其带来的问题同一般的协议转让是一样的。同时，自我交易、内部交易和关于控制人方面的法律不完善。上市公司与一般类型企业的一个重要不同之处就是，上市公司的权力分布在控股股东与小股东之间，非常不平衡，控股股东可以操纵上市公司的许多事务而小股东一般只有用脚投票的权利。因此，限制上市公司控制人行为的法律是非常重要的，这类法律的一个重要方面就是对自我交易、内部交易的限制。
中国的上市公司重组推动了产业结构调整、推动了上市公司股权结构和治理结构的调整，有利于上市公司真正转换经营机制，改善了这些公司的资产质量并保护了投资者的利益。但中国上市公司重组中存在的问题不容忽视，这些问题损害了小股东和债权人的利益，最终影响了中国证券市场的健康发展。要从根本上解决这些问题，必须要逐步减少国有股在上市公司中的比例，逐步打破流通的公众股和非流通的国有股之间的界限，逐步弱化政府对上市公司行为的直接介入；必须要大力发展直接资本市场，使中国的资本市场品种更多、层次更多、计划经济的成分更少；必须要制定严格的、完备的关于公司控制人行为的法律和自我交易、内部交易的法律。因此，中国上市公司存在的问题并不是某一个特定的具体原因引起的，而是中国由计划经济向市场经济过渡中必然要出现的；要解决这些问题，也不是针对某个特定的具体原因采取措施就能成功，而是要从整体上推进改革，加快由计划经济向市场经济过渡。
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